Nella storia, le prime notizie che si hanno di Marsciano, risalgono al 1004 d.c., quando la ebbe in feudo la famiglia Bulgarelli, i Conti di Marsciano, che la cedettero a Perugia nel 1281. Nel 1314 fu saccheggiata dall’imperatore Enrico VI; comunque, anche se per un certo periodo contesa fra Perugia e Todi, la sua storia fu legata alla prima finché non entrò a far parte dello Stato Pontificio nel 1534. Marsciano rimase sotto il dominio papale fino all'unità d'Italia proclamata nel 1860.
Arrivando da Perugia, numerosi sono i borghi fortificati e i castelli: a destra e a sinistra della Strada Marscianese, quella che percorre i Colli Perugini, vi sono S. Valentino, Castel delle Forme, S. Elena e Papiano;
percorrendo la Via Settevalli, Spina e il Castello di S. Apollinare; da segnalare, a Mercatello, la Casa Comunale del ‘400 con il suo bel portico.
Poco prima di scendere dai Colli Perugini verso la Valle del Nestore, nella frazione di Cerqueto si trova la Parrocchiale di S. Sebastiano, con i resti del primo affresco del Perugino, raffigurante appunto il martirio di S. Sebastiano.
A Marsciano sono ancora visibili i resti del Castello dei Conti di Marsciano, con torri quadrati e circolari; sulle mura sono state costruite abitazioni, che lasciano solamente intuire la struttura originaria.
La Parrocchiale, ricostruita nel secolo scorso in forme neogotiche, conserva un affresco staccato della scuola del Perugino, Madonna col Bambino e, dietro l’altare, un crocifisso ligneo del XIII secolo.