La Chiesa di S. Fortunato, costruita dai minori francescani, precedentemente dei monaci di Vallombrosa, fu iniziata nel 1292-1328 con la costruzione del coro e due delle quattro arcate, ripresa nel 1408, ma terminata solamente nel 1464. Nonostante ciò, la facciata non fu mai terminata (1415-58). Magnifico comunque il portale maggiore (1420-36), finemente scolpito con scene del Giudizio Universale, tanto da ricordare quello del Duomo di Orvieto. I due leoni in pietra, in cima alla scalinata, provengono dalla precedente chiesa romanica. L’interno è a sala, cioè con le tre navate della stessa altezza, une stile alquanto nordico, che però in Umbria si ritrova a Perugia, (S. Domenico e S. Lorenzo), divise da pilastri poligonali con volte a ogiva; si tratta del più grandioso esempio conservato in tutta l’Italia centrale.
Una rarità consiste nell’esistenza delle cappelle laterali, progettate fin dall’inizio (vedi anche S. Trinità in Firenze), mentre appaiono nel resto d’Italia solamente con il Rinascimento. Servivano da sepolcreti a pagamento per famiglie abbienti, finanziando in questo modo almeno in parte i costi della costruzione della chiesa. Essendo stata costruita in due tempi, si possono notare delle piccole differenze tra le due parti, soprattutto per quanto riguarda la prima coppia di pilastri e le finestre più piccole delle prime due arcate. Disturbano un poco gli arconi di sostegno aggiunti in un secondo tempo. Al primo pilastro di destra, si trova un’acquasantiera gotica, nella quarta cappella dello stesso lato, un affresco di Masolino da Panicale, “Madonna col Bambino e Angeli” (1432), nella quinta, affreschi della scuola di Giotto della prima metà del XIV secolo. La cappella successiva, non facente parte della costruzione originaria della chiesa, fu in precedenza la sala capitolare: mostra degli affreschi di Nicola Vannucci di Todi della fine del XIV sec.; sopra all’ingresso della cappella è stato posto il pulpito del XV secolo. Il coro poligonale contiene uno stallo ligneo di Antonio Maffei di Gubbio del 1590. La quinta cappella di sinistra contiene altri affreschi della scuola di Giotto, mentre la terza è decorata da Andrea Polidori (1618). Il primo pilastro di sinistra poggia su due capitelli sovrapposti: quello superiore, proveniente probabilmente dalla chiesa precedente, funge da acquasantiera.
Nella cripta sottostante è sepolto Jacopone da Todi (1230-1306), il fervido frate francescano, uno dei primi compagni di S. Francesco e appartenente all’Ordine dei Francescani Minori, poeta in lingua latina (gli viene attribuito il testo della famosa “Stabat mater dolorosa”) e, per primo, in lingua volgare italiana ( le Laudi); in lotta con la Curia Romana, venne scomunicato e dovette rifugiarsi nel convento di S. Lorenzo di Collazzone, dove morì la notte di Natale del 1306.