Di origine medioevale, a riprova delle sue vicissitudini nella storia, cambiò nome diverse volte: Fratta del Vescovo di Todi, Fratta di Marsciano e infine Fratta Todina.
Contesa tra Todi e Perugia, venne da questa presa, anche se in seguito divenne libero comune. Nel 1416 Braccio Fortebraccio ingrandì il castello per utilizzarlo per le sue truppe. Dal 1452 fu sotto il dominio di Todi.
Fratta conserva ancora una parte delle sue mura castellane. Da segnalare il Palazzetto Vescovile del 1600, la Fontana Vescovile, restaurata dal Cardinale Ludovico Gualtiero e la Torre Civica.
La Casa Parrocchiale del 1700 è stata costruita sui resti di un’abside di una chiesa romanica. Da visitare il Convento Francescano della Spineta.