La maggior parte delle rocce che formano i Monti Amerini sono rocce sedimentarie di origine marina. Tali rocce contengono, infatti, solo fossili di organismi animali e vegetali vissuti negli ambienti marini delle Ere in cui si formarono: l'Era Mesozoica, che va da 250 a 65 milioni di anni fa ed in parte nella successiva, detta Cenozoica, fino a circa 40 milioni di anni fa.
L'origine di queste rocce è da ricollegarsi agli antichi fondali di un grande oceano, detto Tetide, di cui tutta l'Umbria rappresentava solo una piccola parte situata verso occidente.
Con il tempo si sono create molte cavità che si sono allargate fino a divenire grandi stanze collegate da gallerie e pozzi in seguito all'erosione e al crollo di volte e pareti. In alcune, si sono verificati quei processi chimici che hanno portato alla formazione delle stalattiti, delle stalagmiti e di altre concrezioni carsiche.
Tali cavità, hanno rivestito nel tempo oltre ad un interesse speleologico anche un interesse paleontologico. Infatti, nella preistoria, erano utilizzate dagli umani come ricoveri per ripararsi dal freddo e dagli animali feroci. In quest'ultimo caso, una testimonianza è data dalla cosidetta "Grotta delle ossa" ubicata in località Montenero a due passi da Amelia. Questo sito è uno dei pochissimi in Italia in cui sono stati rinvenuti reperti fossili attribuibili all'uomo di Nendertal vissuto fra 100.000 e 40.000 anni fa.
Il patrimonio speleologico dell'Umbria è tra i più ricchi d'Europa e vanta oltre 865 cavità esplorate e catastate. Rivolgendosi al catasto è possibile conoscere quali siano le grotte visitabili e con quali materiali e strumenti.
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Catasto Speleologico dell' Umbria
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